1、預(yù)染marker的誤差：
由于預(yù)染marker是由標(biāo)準(zhǔn)蛋白與有色染料偶聯(lián)而成的，所以偶聯(lián)后的蛋白由于表面結(jié)構(gòu)的改變，導(dǎo)致在SDS-PAGE中分離的線性關(guān)系沒有天然蛋白那么好；另外由于偶聯(lián)的批次不同，每個(gè)條帶針對每個(gè)批次呈現(xiàn)出的分子量會(huì)有些許的變化，所以在使用預(yù)染marker的時(shí)候，出現(xiàn)5-10%的分子量誤差是不能避免的，如果需要確切分子量需要用非預(yù)染marker來標(biāo)定。
2、物種差異：
很多蛋白在人源、大鼠源、小鼠源中存在的長度并非*一致，具體問題還要具體分析；
3、蛋白本身的性質(zhì)：
?、俜肿恿繑?shù)值僅僅是一個(gè)氨基酸數(shù)值累加的相對值，與實(shí)際值本身存在差距；
?、诘鞍踪|(zhì)存在磷酸化、乙?；?、糖基化等翻譯后修飾可導(dǎo)致分子量增大，比如常見的CD家族蛋白糖基化修飾以后分子量都會(huì)增大許多；
③蛋白質(zhì)存在翻譯后酶前體狀態(tài)與激活剪切狀態(tài)，可使分子量變小，比如MMP2蛋白，酶源與激活態(tài)大小分別是72kDa、63kDa；
④蛋白質(zhì)存在多個(gè)轉(zhuǎn)錄本由一個(gè)基因編碼的形式，不同的轉(zhuǎn)錄本翻譯得到的蛋白分子量不一樣，比如JNK這個(gè)蛋白，本身分為JNK1，JNK2，JNK3三個(gè)亞型，三種亞型同源性較高，而且針對每個(gè)亞型還有不同分子量的轉(zhuǎn)錄本呈現(xiàn)；要想正確把握蛋白分量問題不僅僅要讀說明書，還要關(guān)注這個(gè)蛋白的相關(guān)背景知識(shí)。
更新時(shí)間：2022-04-22 
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